1400ean, Ama Birjinaren tailla bat agertu zen estuarioaren inguruko ihitzan, eta hortik datorkio izena Junkaleko Andra Mariaren elizari.

Euskal Herriko gotikoaren prototipo garrantzitsu bat da elizaren barrualdea.

1508an hasi ziren eliza eraikitzeko lanak, eta 1606an bukatu ziren; lanen iraupen luze horren ondorioz, hainbat estilo ditu elizak.