San Anton eliza XV. mendearen amaieran eraiki zuten. Ez da Bilboko elizarik zaharrena, baina hiriko ezagunenetako bat da.

Itsasadarraren bazterrean dago, Erriberako merkatutik eta udaletxe zaharretik gertu. Tenplu honen historiak lotura estua du hiriarenarekin; hainbesteraino, ezen hiriaren armarrian agertzen baita izen bereko zubiarekin batera.

Toki horretan, lehenengo eliza eraiki baino ia 300 urte lehenago, biltegi bat zegoen, itsasadarraren ibiaren ondoan zegoen haitz batean eraikia. Han ibiltzen ziren Gaztelako artilearekin kargatutako karabanak, eta portu txiki bat ere bazegoen.

Diego Lopez Harokoak 1300ean hiri-gutuna eman zionean hiribilduari, lonja zaharra hiriaren parte bihurtu zen, eta defentsarako nahiz uholdeetatik babesteko erabiltzen zen harresi sendo batek mugatzen zuen.